В 1898 г. по инициативе молодого талантливого преподавателя ЖМИ Д. К. Заболотного была организована первая в России самостоятельная кафедра медицинской бактериологии.
В 1908–1910 гг., когда в Петербурге возникла крупная вспышка эпидемии холеры, сотрудники кафедры бактериологии, под руководством Д.К. Заболотного, участвовали
в изучении свойств холерного вибриона, бациллоносительства при холере, занимались разработкой методов диагностики болезни. Кафедра бесплатно читала общедоступные лекции о холере для студенток, преподавателей и населения города.
В 1899 г. в институте была основана первая в России кафедра одонтологии. Первым ее заведующим был А.К. Лимберг.
В институте на 1913 г. имелось 32 кафедры, занятые ординарными и экстраординарными профессорами. Условия для занятия кафедры профессором такие же как в Петербургском Университете . Постоянно в Институт совершаются переходы преподавателей
из Военно-Медицинской Академии
и Университета. Было 25 доцентов, 39 штатных прозекторов, лаборантов, ассистентов, младших преподавателей.
Нормальной анатомии человека,
основана в 1897 г.
Кафедра гистологии и эмбриологии,
основана в 1897 г.
Кафедра физиологии,
основана в 1898 г.
Первый заведующий — проф. Н. А. Батуев, руководил кафедрой с 1897 по 1900 г.
Первый заведующий — проф. А. С. Догель, руководил кафедрой с 1897 по 1922 г.
Первый заведующий — проф. В. И. Вартанов, руководил кафедрой с 1898 по 1929 г.
Кафедра зоологии,
основана в 1897 г.
Кафедра общей химии,
основана в 1897 г.
Кафедра биологической химии,
основана в 1898 г.
Первый заведующий — проф. В. А. Фаусек, руководил кафедрой с 1897 по 1910 г.
Первый заведующий — проф. С. И. Залесский, руководил кафедрой с 1897 по 1900 г.
Первый заведующий — проф. С. С. Салазкин, руководил кафедрой с 1898 по 1911 г.
Кафедра физики,
основана в 1897 г.
Кафедра патологической анатомии,
основана в 1899 г.
Кафедра микробиологии,
основана в 1898 г.
Первый заведующий — проф. Б. Б. Голицын, руководил кафедрой с 1897 по 1899 г.
Первый заведующий — проф. Н. Ф. Виноградов, руководил кафедрой с 1899 по 1916 г.
Первый заведующий — проф. Д. К. Заболотный, руководил кафедрой с 1898 по 1929 г.
Кафедра фармакологии,
основана в 1899 г.
Кафедра диагностики,
основана в 1899 г.
Кафедра частной патологии,
основана в 1899 г.
Первый заведующий — проф. А. А. Лихачёв, руководил кафедрой с 1899 по 1942 г.
Первый заведующий — проф. А. М. Левин, руководил кафедрой с 1899 по 1916 г.
Первый заведующий — проф. М. М. Волков, руководил кафедрой в 1899-1900 гг.
Кафедра факультетской терапии,
основана в 1901 г.
Кафедра госпитальной терапии,
основана в 1900 г.
Кафедра оперативной хирургии,
основана в 1899 г.
Первый руководитель — проф. М. М. Волков, руководил кафедрой и клиникой в 1900-1913 гг.
Первый заведующий — проф. Г. А. Смирнов, руководил кафедрой с 1901 по 1924 г.
Первый заведующий — проф. С. Н. Делицын, руководил кафедрой с 1899 по 1901 г.
Кафедра общей хирургии,
основана в 1899 г.
Кафедра факультетской хирургии,
основана в 1900 г.
Кафедра госпитальной хирургии,
основана в 1901 г.
Первый заведующий — проф. В. А. Тиле, руководил кафедрой с 1899 по 1920 г.
Первый заведующий — проф. А. А. Кадьян, руководил кафедрой в 1900-1901 гг.
Первый заведующий — проф. А. А. Кадьян, руководил кафедрой в 1901-1920 гг.
Кафедра акушерства и гинекологии с пропедевтической клиникой,
основана в 1899 г.
Кафедра детских болезней,
основана в 1900 г.
Кафедра нервных и душевных болезней, основана в 1900 г.
Первый заведующий — проф. Н. Н. Феноменов, руководил кафедрой в 1899-1900 гг.
Первый заведующий — проф. Д. А. Соколов, руководил кафедрой с 1900 по 1915 г.
Первый заведующий — проф. В. М. Бехтерев, руководил кафедрой с 1900 по 1915 г.
Кафедра глазных болезней,
основана в 1900 г.
Кафедра оториноларингологии,
основана в 1900 г.
Кафедра гигиены и медицинской полиции, основана в 1899 г.
Первый заведующий — проф. Н. И. Андогский, руководил кафедрой с 1900 по 1928 г.
Первый заведующий — проф. Б. В. Верховский, руководил кафедрой с 1900 по 1920 г.
Первый заведующий — проф. П. Л. Мальчевский, руководил кафедрой до 1904 г.
Кафедра судебной медицины,
основана в 1901 г.
Первый заведующий — проф. Н. П. Ивановский, руководил кафедрой с 1901 по 1911 г.
Кафедра кожных
и венерических заболеваний,
основана в 1901 г.
Первый заведующий — проф. Т. П. Павлов, руководил кафедрой с 1901 по 1902 г.